Su cabecera es el pueblo del mismo nombre.

El municipio de Santa María Jacatepec se encuentra localizado en el noroeste del estado de Oaxaca, forma parte del distrito de Tuxtepec en la Región de la Cuenca del Papaloapan.

Tiene una superficie territorial de 325.324 kilómetros cuadrados que equivalen al 0.37% de la superficie estatal.

El territorio municipal tiene límites al norte con el municipio de San José Chiltepec y con el municipio de San Juan Bautista Tuxtepec, con el que también limita al este; al sur limita con el municipio de Santiago Jocotepec y el municipio de Ayotzintepec; al suroeste y oeste con el municipio de San Juan Bautista Valle Nacional y al noroeste con el municipio de San Lucas Ojitlán.

El municipio se encuentra formado por 36 localidades, las principales y su población de acuerdo al Censo de 2010 son: Para la elección de diputados locales al Congreso de Oaxaca y de diputados federales a la Cámara de Diputados federal, el municipio de Santa María Jacatepec se encuentra integrado en los siguientes distritos electorales: Local: Federal: