Su cabecera es el pueblo del mismo nombre.

El municipio de San José Chiltepec se encuentra localizado en el noroeste del estado de Oaxaca, forma parte del distrito de Tuxtepec en la Región de la Cuenca del Papaloapan.

Tiene una superficie territorial de 193.769 kilómetros cuadrados que equivalen al 0.18% de la superficie estatal.

El municipio limita al norte y al este con el municipio de San Juan Bautista Tuxtepec y al oeste y al sur con el municipio de Santa María Jacatepec.

El municipio se encuentra formado por cuarenta localidades, las principales y su población de acuerdo al Censo de 2010 son: Para la elección de diputados locales al Congreso de Oaxaca y de diputados federales a la Cámara de Diputados federal, el municipio de San José Chiltepec se encuentra integrado en los siguientes distritos electorales: Local: Federal: