El nombre Jocotepec proviene del náhuatl y significa En el cerro de los frutos ácidos, se forma de las voces Xócotl-"fruto ácido", Tépetl-"cerro" y C-"en".

La geografía del municipio es propia de clima templado, debido a que se encuentra enclavado en la Sierra Madre Oriental.

Dentro de las principales elevaciones destacan el llamado Cerro Caliente, con rumbo a Santiago Jocotepec y el Cerro Flores; ambos son de los más identificados en el territorio municipal.

El municipio se encuentra en la cuenca del Papaloapan, por lo que el río Monte Negro es el principal curso hidrográfico que recorre la extensión territorial del municipio y termina su desembocadura en el río Papaloapan.

En el municipio destaca la creciente actividad ecoturística para la incursión en un pueblo conocido como Cerro Del Chango, nombre dando a la población de San José Río Manzo, en vista a que los pobladores decidieron cuidar y preservar a los llamados monos arañas, y se ha vuelto en un sitio muy atractivo para el senderismo y la aventura.