En 1814, en seguimiento a lo establecido en la constitución promulgada en Cádiz, España, en el año 1812, el Ayuntamiento de San José pasó a ser una institución de elección popular.
Este hecho marcó un hito importante en la historia de la democracia costarricense, ya que fue la primera vez que los ciudadanos tuvieron derecho a elegir a sus representantes municipales.
Esta legislación fue objeto de gran cantidad de modificaciones a lo largo del siglo XX, hasta que en 1998, se estableció el actual Código Municipal.
Sus funciones tienen total autonomía con respecto al Gobierno Central de Costa Rica.
Sus acuerdos son vinculantes, aunque se encuentran sujetos al poder de veto del alcalde.