Si bien para sus amos los monolitos son simplemente máquinas que ejecutan la labor encomendada, desde la perspectiva de los humanos y otras razas son tan avanzadas que sus habilidades parecen casi mágicas; no solo pueden auto-replicarse como máquinas de von Neumann, también pueden fusionarse entre sí, expandir o contraer su tamaño y manipular la biología de otras especies orgánicas y mecánicas.

Hace tres millones de años el contacto entre los primeros homínidos y este artefacto expandió su consciencia e intelecto, permitiéndoles iniciar su transformación hacia lo que hoy es la raza humana.

Nueve años después sucedería un nuevo contacto, cuando la nave soviética Alexei Leonov, en cooperación con Estados Unidos, inicia un viaje para investigar a Zagadka, nombre con que los tripulantes bautizan al monolito, que ahora orbita Júpiter junto a la abandonada Discovery uno.

Tras esto dejan una advertencia a los humanos señalando que tienen libertad de moverse por todo el sistema solar, pero la luna Europa les está prohibida.

Finalmente, en el año 3001, la humanidad detecta que la información recopilada y transmitida por el monolito pronto recibirá respuesta, y temiendo que la decisión de sus creadores sea la destrucción de la especie, al estar basada en información recopilada durante el sangriento siglo XXI, abogan por la ayuda del Niño estelar, y gracias a su sacrificio logran infectar con un virus informático al monolito y destruirlo minutos antes de que concrete el exterminio humano.