Algunos arqueólogos consideran que anteriormente el monasterio era un templo zoroastrísta hasta convertirse en un punto de expansión del cristianismo en Armenia.
Según los cronistas medievales Fausto Byuzand y Movses Kaghankatvatsi , San Gregorio el Iluminador estuvo en el Monasterio de Amaras al comienzo del siglo IV.
Esta vez se llevaron el báculo pastoral de Gregorio I el Iluminador y una cruz con 36 piedras preciosas.
[5] En el siglo XX, el Nargorno Karabaj fue entregada a la Azerbaiyán Soviética por parte de la URSS y no permitieron realizar ningún tipo de ritos cristianos en ella.
Después de esto, las piedras levitaron y volvieron a colocarse de tal forma que se volvió a reconstruir el monasterio por fuerza divina.