Su cabecera municipal es la localidad homónima de Mocochá.
Mocochá significa literalmente en lengua maya, reflejo del nudo en el agua, por derivarse de las voces Moc, nudo; och, sombra y a, agua.
Una interpretación más libre establecería el significado de Agua del agujero.
El municipio se encuentra en la región centro norte del estado de Yucatán.
Colinda con los siguientes municipios: al norte con Ixil, al sur con Yaxcucul, al oriente con Baca y al poniente con los municipios de Chicxulub Pueblo y de Conkal Se han hallado cerca de la cabecera municipal vestigios arqueológicos mayas que demostrarían que la región comprendida por este municipio estuvo habitada en tiempos prehispánicos.