Mocochá significa literalmente en idioma maya, reflejo del nudo en el agua, por derivarse de las voces Moc, nudo; och, sombra y a, agua.
Una interpretación más libre establecería el significado de Agua del agujero.
Una otra interpretación sería las dos palabras mayas, mok'och, fosa y ja' (más breve a') agua.
Pese a que hay vestigios arqueológicos en las cercanías de la localidad de Mocochá, no ha sido posible determinar si el sitio que ocupa el pueblo estuvo habitado en tiempos prehispánicos.
Se sabe que perteneció al cacicazgo de Ceh Pech.