El nombre oficial de la ciudad rinde homenaje al exgobernador Felipe Carrillo Puerto originario de Motul, quien fuera un importante personaje para el estado a inicios del siglo XX por su lucha contra la explotación del pueblo maya.

Etimológicamente (del maya: Motul: toponímico -Mutul- el pájaro Mut (tordo o faisán); aunque también Mutul, puede significar nudo).

Hay evidencia histórica de que en el origen la ciudad fue nombrada en reconocimiento a Zac Mutul, un sacerdote maya, presumiblemente nacido en el Mayab, durante el siglo XI, en la época precolombina, a quien se atribuye la fundación de la ciudad.

Previamente, dice el historiador Juan Francisco Molina Solís, hacia el siglo VI, la región había vivido la influencia de Zamná, quien lideró en esa época la migración de los itzaes en la península de Yucatán hacia el poniente, fundando ciudades populosas, hoy importantes, como Ek Balam, Izamal, el propio Motul y T'Hó, que se ubicó donde está la actual Mérida.

Otros documentos elaborados sobre el cacicazgo, señalan a Nahu Pech, como el cacique que anunció a sus descendientes el arribo de "los hombres de los países del Oriente, con barbas largas (los españoles), que traerán el signo del dios único".