La mitofagia (Et: Mito, apócope de mitocondria + gr φαγειν, comer) es una forma especializada de autofagia por la cual se degradan y reciclan selectivamente las mitocondrias transportándolas al compartimento hidrolítico de la célula.
[8][9][10] Dadas las implicaciones para el balance energético de la célula, se está investigando en el papel de la mitofagia en el cáncer, sida, envejecimiento y en las enfermedades neurodegenerativas.
[2][11][12][13][14] La teoría del eje lisosómico-mitocondrial del envejecimiento señala que las células postmitóticas (aquellas que no se renuevan, como las neuronas) acumulan el pigmento llamado lipofucsina principalmente como subproducto de la mitofagia, y que a su vez, este pigmento no degradabe e inexcretable contiene hierro capaz de transformar el peróxido de hidrógeno que se fuga de las mitocondrias en oxhidrilo mediante la reacción de Fenton gracias al hierro reducido procedente de proteínas mitocondriales como el citocromo c que los compartimentos lisosómicos con lipofucsina contienen secuestrados en un entorno ácido.
Estos compartimentos además reclutan lisosomas primarios que vierten su contenido sin obtener un retorno de nutrientes, con el correspondiente gasto energético.
Por último, la lipofucsina interferiría en el turnover o recambio de proteínas inhibiendo el proteasoma.