Inició su carrera militar en 1606 con la aparición del rebelde Iván Bolótnikov, a quien derrotó en dos ocasiones, en primer lugar cerca del río Pajrá con una pequeña unidad puesta a su disposición (después de que Bolótnikov hubiese derrotado al ejército moscovita de Fiódor Mstislavski y otros boyardos), y después en Kotly; después de la segunda derrota, Bolótnikov y sus hombres huyeron hacia Tula.
Skopín-Shuiski capturó Oréshek, Tver y Torzhok, liberando el norte del país de los enemigos.
En un determinado momento, los partidarios del líder cosaco Prokopi Liapunov le ofrecieron el trono ruso, pero Mijaíl lo rechazó.
Se ha especulado también si el propio zar Basilio IV (Vasili Shuiski) había decidido deshacerse de Mijaíl Skopín-Shuiski, que con apenas 23 años podía ser un rival para el trono ruso gracias a su origen aristocrático y su enorme prestigio popular.
Basilio IV ordenó que lo enterraran en la Catedral del Arcángel Miguel en Moscú, pero no en las criptas reales.