Tras la temprana muerte de su padre tuvo que lidiar primero con el conflicto por el señorío de Trasmoz con su hermano, el futuro poeta Pedro Manuel de Urrea, quien había recibido con cuatro años el señorío de Trasmoz y que se veía favorecido por su madre Catalina y a quien intentó despojar del mismo para mantener el conjunto del patrimonio familiar unificado llegando a decretar la expulsión de ambos de sus feudos[1] aunque el conflicto familiar se vería apaciguado posteriormente ya que su hermano le dedicaría varias poesías.
Entró al servicio personal del rey Fernando II en el 1492, acompañándole a Nápoles en el 1506 y más adelante fue uno de sus principales apoyos en Aragón, logrando en las cortes de 1510 doscientos diecinueve mil sueldos jaqueses para el monarca.
[1] Junto con su primera mujer Aldonza realizó varias fundaciones religiosas en varias villas de sus territorios como fue la fundación entre el 1528 y 1530 del convento de San Sebastián en Urrea de Jalón que cedió a los agustinos posteriormente ya que su primera mujer Aldonza deseaba ser enterrada ahí, aunque tras la firma de un acuerdo en el cual los agustinos residirían en el lugar y realizarían misas en nombre de su esposa a cambio de dos mil sueldos prometiendo mantenerse independientes de la casa agustina de Zaragoza, estos retornaron más tarde a la misma aquejándose del mal clima.
[2] Ante esto el conde reclamó ante el capítulo provincial pero ante su indiferencia recurrió ante el tribunal papal que el 8 de marzo de 1544 y a través de bula papal permitió al conde el traslado del cuerpo de su mujer al nuevo convento franciscano de San Sebastián que se estaba construyendo en Épila.
La capilla se convirtió poco después en el principal panteón de la casa ya que su padre pidió ser enterrado en el mismo en su testamento del 22 de marzo del 1490 y que él mismo terminó imitando a pesar de que en su primer testamento del 1535 su intención era inhumarse en un convento de frailes menores bajo la advocación de San Nicolás que tenía intención de construir en Épila y para el cual aportada veinte mil ducados aunque estipulaba que si fallecía antes de que el edificio se construyera se le enterrase mientras en "la segunda grada del altar mayor subiendo hacia el, en la tierra pura".