Sus padres era campesinos de la etnia hima, parte del grupo étnico tutsi más amplio.
En noviembre fue nombrado subcomandante en jefe del Ejército Nacional de Burundi.
Pronto surgieron tensiones entre el ahora rey Ntare V, que pretendía gobernar activamente, y el gobierno de Micombero, que no veía necesaria la intervención del Rey en política.
Su nuevo régimen, formado por tutsis, ejerció una enorme represión contra los hutus, lo cual condujo a episodios como la violencia genocida de 1972.
El propio Micombero fue arrestado y se declaró una segunda república bajo la dictadura de Bagaza, que duraría hasta 1987.