El presidente también es comandante en jefe de la Fuerza de Defensa Nacional.
La oficina de la presidencia se estableció cuando Michel Micombero declaró Burundi una república el 28 de noviembre de 1966.
La primera constitución en especificar los poderes y deberes del presidente fue la constitución de 1974 adoptada en 1976.
La constitución, escrita por Micombero, afirmó la posición de Micombero como el primer presidente de Burundi.
El difunto presidente Pierre Nkurunziza quebró el límite de mandatos lo que causó disturbios en el país pero anunció su retiro y luego falleció en medio de una transición de poderes.