Al salir de prisión ya no regresó a Lochau, ni tampoco realizó más vaticinios con su método.En 1559 la Universidad de Jena le contrató para enseñar Matemáticas y Geometría.Contiene muy importantes innovaciones en notación matemática, entre ellas el primer uso de multiplicación por yuxtaposición (sin el símbolo entre los factores) en Europa.En su obra trata los números negativos a los que llama numeri absurdis.En su época dichos números eran considerados ilógicos y extravagantes, sin embargo Stifel los utiliza sin diferenciarlos de los positivos.
Placa recordatoria en Wittenberg (Schlossstraße 14-15): «Michael Stifel (1487-1567) teólogo, matemático estuvo aquí en prisión preventiva en 1533»
