[2]​ De regreso a Merchiston en 1571 contrajo matrimonio al año siguiente con Elizabeth Stirling, con quien tuvo dos hijos.

Napier se casó poco después con Agnes Chisholm, con quien tuvo diez hijos.

Cuando su padre murió en 1608, John pasó a vivir en el castillo de Merchiston.

Murió nueve años después, el 4 de abril, debido a causas naturales.

El trabajo no fue publicado sino hasta 1838, cuando estas ideas ya habían sido superadas por otros matemáticos.

El descubrimiento de Napier tuvo un éxito inmediato, tanto en matemática como en astronomía.

[1]​ Napier diseñó tres aparatos para facilitar cálculos, descritos en su obra de 1617 Rabdologiae.

[2]​ Allí, entre otras cosas, afirma que el Papa es el Anticristo y urge al rey de Escocia a expulsar de su corte a todos los papistas y ateos.

Estos rumores se avivaron cuando Napier utilizó su gallo negro para atrapar a un ladrón.

Napier dijo a sus sirvientes que fueran a una habitación oscura y acariciaran el gallo, afirmando que el pájaro cantaría si fueran ellos quienes le robaban sus propiedades.

[11]​ Aún existe un contrato para una búsqueda del tesoro, realizado entre Napier y Robert Logan de Restalrig.