Masyid al-Aqsa se traduce del árabe al español como «la mezquita más lejana», lo que hace referencia al capítulo del Corán llamado «El Viaje nocturno», en el que se dice que Mahoma viajó de La Meca a la «mezquita más lejana» en el año 621 y desde allí ascendió a los Cielos a lomos de un equino[3]​ alado llamado al-Buraq al-Sharif.

[4]​ Según la tradición musulmana, Mahoma dirigía las plegarias orientándolas hacia el lugar en el que se encuentra la Mezquita de al-Aqsa hasta que, al decimoséptimo mes de su peregrinaje de La Meca a Medina, cuando Alá le ordenó que se girara para mirar hacia la Kaaba, en La Meca.

[cita requerida] La estructura de la mezquita fue destruida y reconstruida al menos cinco veces debido a sucesivos terremotos.

Cuando Saladino reconquistó Jerusalén en 1187, restituyó el culto musulmán en la Mezquita de al-Aqsa.

El nombre hace referencia a un capítulo del Corán llamado Al-Isrā’ (en árabe, ٱلْإِسْـرَاء, en español "el viaje nocturno"), en el que se relata que Mahoma viajó de La Meca a "la mezquita más lejana", y entonces subió a los Cielos sobre una criatura divina llamada al-Burāq ash-Sharīf (en árabe: ٱلْـبُـرَاق الـشَّـرِيْـف).

[6]​[7]​ Aunque, en un sentido estricto del término, al-Aqsa se refiere a la mezquita con una cúpula plateada que se encuentra en el extremo sur de la Explanada de las Mezquitas, el término "al-Aqsa" se ha usado a menudo para referirse a toda la zona, incluida la propia mezquita, la Cúpula de la Roca, las Puertas del Monte del Templo y los cuatro minaretes.

Al-Masjid al-Aqsa hace alusión no solo a la mezquita, sino a todo el recinto sagrado, mientras que Al-Jâmi‘ al-Aqṣá (en árabe, ٱلْـجَـامِـع الْأَقْـصّى) se refiere al lugar concreto en el que se erige la mezquita.

[12]​ La mezquita se asienta en una plataforma artificial que se sustenta en arcos construidos por los ingenieros de Herodes para contrarrestar las difíciles condiciones topográficas originadas por la expansión hacia el sur del recinto, hacia los valles del Tiropeón y de Cedrón.

Sin embargo, Arculfo visitó Palestina durante el reinado de Muawiya I, por lo que es posible que fuese el propio Muawiya (y no Umar) quien ordenase su construcción.

Esta última posibilidad fue apoyada explícitamente por el académico medieval musulmán al-Muthahhar bin Tahir.

[19]​ Durante el planeamiento del espléndido proyecto para el Monte del Templo, que finalmente llevaría a la construcción de todo el complejo del Noble Santuario, Abd al-Malik quiso reemplazar la primitiva estructura descrita por Arculfo por una estructura más resguardada que incluyese la quibla, un elemento imprescindible para su gran proyecto.

Sin embargo, el Noble Santuario al completo estaba concebido para representar una mezquita.

Este acceso directo desde el palacio hasta la mezquita es una característica conocida del periodo omeya que todavía puede observarse en otras construcciones de la época.

El segundo califa abásida, Abu Jafar al-Mansur, declaró su voluntad de reparar la mezquita en el año 753, para lo cual ordenó quitar las placas de oro y plata que cubrían las puertas de la mezquita y convertirlas en dinares y dirhams para financiar una reconstrucción que terminó en el 771.

[19]​[21]​ En el año 780, su sucesor, Muhammad al-Mahdi, ordenó la reconstrucción de la mezquita acortando su longitud y ampliando su anchura.

[18]​ El geógrafo persa Naser Josrow describió la mezquita durante su visita en 1047: La zona del Haram (el Noble Santuario) queda en la parte oriental de la ciudad; y a través del bazar de este (barrio) se entra en la Zona mediante una gran y hermosa puerta (Dargah)...

También se construyeron en el lugar un nuevo claustro, una iglesia y unos cuantos edificios más.

Para preparar la mezquita para las plegarias del viernes, en menos de una semana, Saladino hizo eliminar todos los graneros y los retretes instalados por los cruzados en la mezquita, cubrió los suelos con hermosas alfombras y perfumó el interior con agua de rosas e incienso.

En realidad, todas las obras realizadas durante el mandato otomano fueron ordenadas por los gobernadores otomanos de Jerusalén y no por los propios sultanes, quienes sí mandaron ciertas adiciones a los minaretes ya existentes.

En 1816, el gobernador Sulayman bajá al-Adil ordenó la restauración de la mezquita, que se encontraba ya en un estado ruinoso.

También se renovaron cuidadosamente un cuarto de las vidrieras para preservar sus diseños originales fatimíes y abásidas.

Etzion creía que la voladura de las dos mezquitas causaría un despertar espiritual en Israel y resolvería todos los problemas del pueblo judío.

El interior de la mezquita está pintado con motivos decorativos del siglo XIV.

Tras el incendio de 1969 se llegó a pensar que las pinturas se habían perdido para siempre, pero finalmente pudieron ser reconstruidas usando la técnica del tratteggio, un método que usa finas líneas verticales para distinguir las zonas reconstruidas de las originales.

La fachada de la mezquita fue construida en el año 1065 d. C. bajo las órdenes del califa fatimí al-Mustansir.

Los mosaicos decorativos y la inscripción de las enjutas que dan a la entrada principal son del periodo fatimí y aparecieron tras un enyesado de época posterior que los cubría.

Estaba concebido como un regalo a la mezquita que sería ofrecido inmediatamente después de la toma de Jerusalén a los cruzados, y su construcción se alargó durante seis años, entre 1168 y 1174.

Sin embargo, cuando Nur al-Din falleció, los cruzados todavía controlaban la ciudad, por lo que fue su sucesor Saladino quien, tras conquistarla en 1187, ordenó la instalación del minbar.

Entre dichas actividades se cuentan el reacondicionamiento y la renovación de estructuras abandonadas.

[36]​ La soberanía sobre la mezquita de al-Aqsa en concreto, y sobre Jerusalén Este en general, es un tema polémico en el conflicto palestino-israelí.