Presentó su primer concierto solista en Nueva York con John Cage en abril de 1944.

Creó la Merce Cunningham Dance Company en el Black Mountain College en el verano de 1953.

Desde esa época, Cunningham coreografió cerca de 200 obras para su compañía.

El interés de Cunningham en la tecnología contemporánea le llevó a trabajar con el programa para computadora «DanceForms», que usó para realizar todas sus danzas desde Trackers (1991).

Otra obra destacada, Interscape, interpretada por vez primera en 2000, unió a Cunningham con su anterior colaborador Robert Rauschenberg, quien diseñó el decorado y los vestuarios de la danza, con música de John Cage quien fue su pareja hasta su muerte en 1992.