Allí coincidió con otros becarios como los escritores Mercedes Cebrián, Sandra Santana, Miriam Reyes, Carmen Jodra, Chus Fernández, Mariano Peyrou y Andrés Barba, o las artistas visuales Beatriz Barral e Irma Álvarez-Laviada, junto a numerosos científicos y humanistas.

También en esos años desarrolla sus primeras composiciones instrumentales, como "Ese seis no es un seis... es un cero apuntando al infinito" (para flauta, clarinete, piano, violín, violonchelo y electrónica en vivo), que recibe el premio de la Comunidad de Madrid.

El estudio del canto gregoriano propicia un interés en el fenómeno de la voz humana que inmediatamente se conecta con la experiencia del trabajo con medios electroacústicos, generándose así una línea de trabajo compositivo y académico que seguirá desarrollándose en los años siguientes.

Paralelamente, sus investigaciones teóricas se han difundido internacionalmente en múltiples conferencias, congresos y publicaciones.

En 2011, Miguel Álvarez-Fernández recibió el IV Premio Cura Castillejo,[12]​ concedido en el marco del Festival "Nits de Deshielo i Art", organizado en Valencia por Llorenç Barber (los tres premiados en las ediciones anteriores de este galardón habían sido, respectivamente, Francisco López, Fátima Miranda y el artista pionero en el ámbito de las instalaciones sonora e interactivas Luis Lugán).

[13]​ En 2015 dirigió, en colaboración con Luis Deltell, el largometraje documental "No escribiré arte con mayúscula",[14]​ dedicado a la vida y obra del pionero del arte conceptual en España Isidoro Valcárcel Medina, y estrenado en el Festival Punto de Vista de Pamplona.

ISBN 978-84-935674-4-6 En 2020 publica el libro Luis de Pablo: Inventario, un volumen que recoge las conversaciones mantenidas por los dos compositores en durante varios años.

ISBN 978-84-947072-8-5[18]​ En 2021 la editorial bilbaína Consonni publica su ensayo "La radio ante el micrófono: voz, erotismo y sociedad de masas", que recopila las teorías sobre el medio radiofónico desarrolladas por el autor.