Extremistas de la etnia hutu, que se oponían a las negociaciones con el Frente Patriótico Ruandés tutsi, comenzaron a ejecutar un plan para el asesinato de destacados políticos.
Los cascos azules belgas responsables de su protección resultaron también muertos en el magnicidio.
Desarmado, Mbaye Diagne se dirigió a investigar los hechos y se encontró con los cuatro hijos de Uwilingiyimana, escondidos en un edificio utilizado por el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo.
El jefe de las operaciones humanitarias en Ruanda dio una explicación sobre porqué el capitán Diagne no fue reprendido por sus acciones: "aquí hay alguien que ha cruzado una línea y [el general] no va a castigarlo porque lo que está haciendo es lo correcto".
La metralla atravesó la ventana trasera del vehículo, alcanzando a Diagne en el cráneo y produciendo su muerte instantánea.
En el momento de su muerte estaba casado, dejando viuda y dos hijos.