Se describió a sí mismo como "hutu moderado", e incluso permitió que los tutsis étnicos creasen sus propios negocios, sin embargo intentó mantenerlos al margen de la política.

Su fallecimiento se produjo durante la Guerra Civil Ruandesa y acrecentó las tensiones étnicas en la región, marcando el comienzo del Genocidio de Ruanda.

Después de recibir una educación primaria, asistió al College of Saint Paul en Bukavu , Congo Belga , donde se graduó con una licenciatura en matemáticas y humanidades.

Ruanda siguió bajo un régimen militar hasta que en 1978 se aprobó una nueva Constitución mediante un referéndum.

Pero su continencia no duró, pasando a revelar unas políticas que reflejaban las de su predecesor, Kayibanda.

Se sabe que Mobutu Sese Seko de la vecina Zaire se hizo con los restos del difunto presidente prometiendo devolverlos a la familia hasta que huyó del país y el cuerpo de Habyarimana fue incinerado.