En consecuencia, en 1939 asumió el cargo de jefe militar en las colonias francesas del Oriente Próximo.
En mayo de 1940, el primer ministro Paul Reynaud lo llamó para que reemplazara a Maurice Gamelin al frente del ejército francés en la Segunda Guerra Mundial.
Finalmente, los alemanes lograron llegar al Canal y cercar al grueso de las tropas aliadas, aunque un buen número de soldados logró escapar del cerco gracias a la Operación Dínamo.
Weygand ya no contaba con tropas suficientes para hacerles frente; en especial carecía de tanques y aviones.
Los alemanes atacaron el 5 de junio y los franceses resistieron en sus posiciones hasta el 8 de ese mes, pero luego las fuerzas acorazadas alemanas rompieron el frente y avanzaron en profundidad hacia el sur, cercando o derrotando a los defensores.
El gobierno francés se instaló en Burdeos y sus integrantes debatieron con los jefes militares el camino a seguir.
Weygand fue hecho prisionero y llevado a Alemania, donde estuvo recluido hasta el fin de la guerra.