Se clasifica como un falconiforme basal, aunque sus relaciones con las especies actuales de aves son inciertas.
La palabra raptor también es utilizada en inglés para designar a las aves rapaces.
Las garras de Masillaraptor se caracterizan por ser relativamente pequeñas y débiles, en comparación con otros falconiformes.
En la descripción del nuevo género, se propusieron tres posibles clasificaciones para Masillaraptor, atendiendo a diferentes criterios, relacionándolo de maneras distintas con las familias modernas Accipitridae, Falconidae, Sagittariidae, Cathartidae, Tytonidae y Strigidae, así como las extintas Messelasturidae y Horusornithidae.
La incertidumbre se acentúa al cambiar las clasificaciones de aves según el autor o el año.