La ofensiva causó el desplazamiento de muchos refugiados, que fueron atacados al día siguiente por las fuerzas salvadoreñas.

El gobierno salvadoreño creía que estos campamentos estaban siendo utilizados por la guerrilla del FMLN, en parte debido a la afiliación de muchos campesinos dentro de la zona desmilitarizada a la Federación de Trabajadores del Campo, una organización política que promovía la reforma agraria y que el gobierno salvadoreño veía como un apoyo a la guerrilla.

[2]​ El 13 de mayo, fuerzas salvadoreñas conformadas por el Destacamento Militar N.º 1, la Guardia Nacional y ORDEN iniciaron un operativo antiguerrilla.

[2]​ Desde varios puntos,[2]​ incluyendo el cercano poblado de Las Vueltas,[3]​ convergieron en Las Aradas, enfrentándose muchas veces con guerrilleros.

[2]​ También el 13 de mayo, 150 soldados hondureños pertenecientes al Batallón 12, con base en Santa Rosa de Copán, llegaron a Santa Lucía, Honduras, y a San José, Honduras, cerca del río Sumpul[1]​ e impidieron que los refugiados cruzaran la frontera.

Amenazaron con tirar a los niños al río, pero los refugiados no regresaron.

[4]​ Los refugiados intentaron cruzar el río Sumpul hacia Honduras,[1]​[4]​ pero los soldados hondureños se lo impidieron, posiblemente realizando disparos.

[8]​ La masacre duró de seis[4]​ a nueve horas,[9]​ dejando al menos 300 muertos.

[10]​ Dos periodistas extranjeros visitaron el lugar desde Honduras y entrevistaron a los supervivientes, publicando sus relatos en un folleto.

[2]​ El Ministro de Defensa salvadoreño, José Guillermo García, negó la masacre, afirmando que "ha habido muertos en esa zona, pero no en cantidades tan 'industriales'"[3]​ y la embajada de Estados Unidos en Tegucigalpa también negó la masacre.

[4]​ En un comunicado oficial, Honduras calificó las acusaciones de calumniosas e irresponsables.

El presidente hondureño Policarpo Paz negó las afirmaciones en un discurso radiofónico transmitido a nivel nacional.

[2]​ En octubre de 1980, el presidente José Napoleón Duarte, en una entrevista para United Church Observer, reconoció que se había llevado a cabo una operación militar en la zona del río Sumpul y dijo que habían muerto unas 300 personas, todas ellas "guerrilleros comunistas".