La nueva reina era veinte años menor que su marido.
Margarita llevó una vida sencilla, tranquila y retraída en la corte, y pasaba largo tiempo en las propiedades reales en el campo.
Ella mantuvo su fe católica mientras la reforma protestante se instalaba en el país y el rey permitía el saqueo de iglesias y monasterios, al tiempo que él mismo adquiría la nueva religión.
Sus restos mortales fueron trasladados a la Catedral de Upsala, donde también reposarían los del rey.
Ocho hijos le sobrevivirían a su muerte.