También se llama "San Marcos", (solo llevó la camisa alviverde a lo largo de su carrera) fue decisivo para ganar numerosos títulos, sobre todo la Copa Libertadores 1999, frente al Deportivo Cali por medio de los penaltis.
Marcos comenzó su carrera en la modesta Lençoense, donde se desempeñó en el club de las categorías inferiores hasta 1992, cuando fue contratado por el Sociedade Esportiva Palmeiras y se convirtió en un atleta profesional.
Para el deleite de la multitud del Palmeiras, sus mejores actuaciones fueron en dos partidos contra el Corinthians archirrivales en los cuartos de final, cuando hizo atajadas milagrosas que llevó al partido a los tiros penales.
En las semifinales, contra el Boca Juniors, después de dos empates por 2-2, Palmeiras fue eliminado en los penaltis.
En 2002 fue el portero de la selección brasileña campeona de la Copa del Mundo en Japón y Corea del Sur, fue el único jugador en el equipo en no ser sustituido en todo el torneo por el entrenador Luiz Felipe Scolari.
Y, sin embargo, fue elegido el mejor portero del Campeonato Brasileño de 2008.
El 21 de abril de 2010 en partido en casa contra el Atlético Paranaense, salió al campo con la camiseta del Palmeiras por 489 ª vez, convirtiéndose en el octavo jugador para jugar más partidos para el club en la historia.
Hubo 211 partidos jugados desde 1996, cuando salió al campo por primera vez con la camiseta del Palmeiras.
Sin embargo, fue convocado a la Copa FIFA Confederaciones 2005 donde Brasil se proclamó campeón, donde Marcos solo jugó el partido ante Japón en la fase de grupos, que terminó 2 a 2.