En febrero de 1881, fue elegido diputado, cargo que ocupó por más de nueve años.
En 1887, Morínigo participó en la fundación del Partido Colorado.
A raíz de este suceso y por deber constitucional Morínigo asume la presidencia de la República, para completar el mandato 1890 - 1894.
En sus cinco meses de gobierno se firmó el tratado Ichazo-Benítez con Bolivia, que no fue ratificado; se creó un cuerpo de guardias civiles; se inauguró el Hospital de Caridad (Clínicas), entre otras obras.
Posteriormente Morínigo fue elegido senador en febrero de 1895.