Gracias a ella, que fue la mediadora entre sus hermanos Carlos V y Fernando, se evitó la ruina de la dinastía al mantener vivo el vínculo entre ambos.

Carlos V necesitaba el apoyo de la nobleza centroeuropea para poder contrarrestar el poderío del Imperio otomano.

La nueva reina María fue muy querida por sus súbditos y la nobleza, cosa rara en aquella época tratándose de una mujer extranjera.

La invasión de los turcos era cada vez más cercana, pues habían llegado a las fronteras del reino húngaro.

María solicitó ayuda a su hermano Carlos V para poder contener al ejército otomano.

Con dos reyes coronados y un enorme ejército otomano ocupando parte del reino húngaro y favoreciendo a Juan I, quien le había prometido fidelidad al sultán, María, viuda y sin hijos a los 21 años de edad, logró refugiarse al lado de su hermano Carlos V, el cual muy pronto le entregó grandes responsabilidades políticas.

El emperador decidió darle dicho cargo a su hermana María, quien se mudó a Bruselas junto con su secretario personal el clérigo húngaro Nicolás Olahus, nombrado al poco tiempo regente de los Países Bajos.