En 1759, su hermano, que luego se convertiría en el elector Federico Cristián, vivió como invitado en su corte durante dos años después de huir en el conflicto con Prusia.

Tras la muerte de su marido en 1777, el nuevo elector Carlos Teodoro, el cual no tenía ninguna relación interna con Baviera y estaba dispuesto a intercambiar partes de ella por Alta Austria en 1778 y toda Baviera por los Países Bajos, unos años más tarde, intentó ceder Baja Baviera a Austria.

Estos planes fracasaron con la guerra de sucesión bávara en 1778, en la que el rey Federico II de Prusia sofocó los intentos austriacos para intercambiar los Países Bajos Austríacos por Baviera, al amenazar tanto a Baviera como a Austria con la guerra si el plan se realizaba, todo ello gracias tanto a María Ana cómo a María Ana del Palatinado-Sulzbach, viuda del príncipe Clemente Francisco, que viendo amenazada la independencia de Baviera, se pusieron en contacto con él rey prusiano y el heredero de Carlos Teodoro, Carlos II Augusto del Palatinado Zweibrücken, para pedirles ayuda.

A cambio de la Baja Baviera, Carlos Teodoro iba a recibir los Países Bajos Austríacos (cerca de sus dominios ancestrales), el Palatinado (ya su patrimonio) y Jülich y Berg.

Su figura ha sido muy venerada entre los bávaros desde entonces, y los herederos de la rama Zweibrücken, Carlos II Augusto, y su hermano Maximiliano I de Baviera, que finalmente sucedió a Carlos Teodoro en 1799.