Debido a que su padre murió cuando ella tenía 6 años, su educación y la de sus hermanos estuvo a cargo de su madre y diversos tutores.

Como era costumbre en ese momento, María Amalia donó su vestido de novia a la iglesia como túnica sacerdotal.

Un año más tarde, tras la muerte de su tío, Carlos Augusto se convirtió en duque del Palatinado-Zweibrücken, pero en realidad estaba destinado a heredar el trono electoral de Baviera.

Tras quedarse viuda, volvió al Castillo de Neoburgo, donde llevó una vida sociable hasta su muerte.

María Amalia murió en 1831 en Neoburgo, había sobrevivido a su esposo por 36 años.