[1]​ Participó como uno de los firmantes del acta de independencia del istmo del yugo español en noviembre de 1821.

Luego de firmar el acta, fue encargado por José de Fábrega y junto con José Vallarino fueron a Chagres y Portobelo para solicitar la rendición de las fuerzas españolas en ambos pueblos.

En 1826 dejó la Contaduría General del Istmo, para ocupar un puesto en la Cámara de Representantes de Colombia.

Ayala estuvo en capilla y con la escolta preparada para fusilarlo, pero el pueblo de Santa Ana y gente influyente lograron evitarlo.

Posteriormente colaboró con José de Fábrega para derrotar las fuerzas rebeldes de Alzuru, quien sería derrotado el 29 de agosto.