Fue hijo de Eduardo Eusebio Magalhaes Faull y de Katie Medling Bennet.

Estuvo casado con Norma Chaves, con la cual tuvo un hijo Manuel Eugenio Magalhaes Chaves.

Manuel Josías Magalhaes dio inicio a su participación política ingresando al Partido Radical y fue alcalde de la comuna de Vallenar por 16 años.

Asimismo, fue dirigente de los abanderados a la presidencia de Pedro Aguirre Cerda, Juan Antonio Ríos y Gabriel González Videla.

Además participó en bomberos y fue miembro activo de la masonería, donde ocupó los más altos grados de la Gran Logia de Chile.