Interrumpió sus estudios universitarios en el Colegio Máximo en teología cuando ingresó a la Compañía de Jesús en 1747.Ahí se instaló en soledad, aparentemente con la única compañía de un misterioso personaje, al que llama en sus cartas «mi buen mulato».Algunos jesuitas chilenos, colegas suyos, lo describían como «un hombre cuyo retiro del mundo, parsimonia en su trato, abandono de su propia persona en las comodidades aun necesarias a la vida humana, y aplicación infatigable a los estudios, le conciliaban el respeto y admiración de todos».En 1773, por medio de la breve apostólico Dominus ac Redemptor, el papa disolvió la Compañía.Lo esbozó primero en un folleto, conocido como Anónimo Milenario, que llegó a circular en América del Sur.En 1790 culminó los tres tomos de su obra Venida del Mesías en gloria y magestad [sic].Entonces se supuso que había muerto por causas naturales, mientras realizaba uno de sus habituales paseos solitarios.En Londres se realizó otra edición en castellano en 1816, la cual fue financiada por el general argentino Manuel Belgrano.Comenzó traduciendo a Ben Ezra y luego escribió numerosas obras en Inglaterra acerca del mismo asunto".El jesuita creía haber encontrado durante su exilio algunos «descubrimientos nuevos, verdaderos, sólidos, innegables, y de grandísima importancia» para la Teología.En primer lugar, Lacunza desechaba la idea del «fin del mundo» como un momento de aniquilación o destrucción de lo creado: Niega «que el mundo, esto es, los cuerpos materiales, o globos celestes que Dios ha creado (entre los cuales uno es el nuestro en que habitamos) haya de tener fin, o volver al caos, o nada, de donde salió [...] esta idea no la hallo en la Escritura, antes hallo repetidas veces la idea contraria, y en esto convienen los mejores intérpretes».Por lo mismo la Iglesia pasaría a formar parte del Anticristo, comprendido este no como un individuo, sino como «cuerpo moral» integrado por todos los apóstatas y ateos de la Tierra.Este punto fue, en definitiva, el que le valió la condena vaticana de su obra.Siendo él mismo un exiliado y un individuo permanentemente bloqueado por la autoridad, sus cartas personales al respecto han terminado por ser valoradas en Chile, país que ha sufrido ciclos de exilio masivo en varios tiempos posteriores: Escribió de la condición desmedrada del desterrado: «Todos nos miran como un árbol perfectamente seco e incapaz de revivir o como un cuerpo muerto y sepultado en el olvido... Entretanto nos vamos acabando.