Manuel Antonio Bonilla Nava fue un político costarricense, nacido en Cartago, el 15 de octubre de 1806.
Sus padres fueron Félix de Bonilla y Pacheco y Catalina de Nava López del Corral, hija del Gobernador español José Joaquín de Nava y Cabezudo.
En 1841 fue elegido popularmente como Vicejefe de Estado y Ministro General, cargos que ejerció hasta la caída del gobierno de Braulio Carrillo Colina el 12 de abril de 1842.
Fue Presidente de la Asamblea Constituyente de 1871 y posteriormente fue elegido como diputado por San José y Presidente del Congreso Constitucional.
Fue un destacado miembro de la masonería costarricense.