Las elecciones presidenciales de Costa Rica de 1849 se realizaron tras el derrocamiento de José María Castro Madriz que fue obligado a renunciar.
En aquel momento, el diputado Miguel Mora Porras, ejercía la presidencia interinamente y su hermano, Juan Rafael Mora Porras, resultó elegido por sobre Rafael Moya Murillo y Manuel Antonio Bonilla Nava.
La Constitución vigente en este período, la de 1848, restringía el derecho a votar a los hombres mayores de 21 años dueños de un bien inmueble equivalente a 300 pesos y una renta anual de al menos 150 pesos que además supieran leer y escribir, por lo que dichas elecciones eran realizadas mayormente entre la burguesía[1] Los habitantes escogían a 90 electores quienes, en las elecciones de segundo grado, escogían al presidente.
San José elegía 26, y Guanacaste 12 los cuales votaron en bloque por Mora, mientras que los 17 de Heredia, los 12 de Alajuela y los 2 de Puntarenas lo hicieron por Moya.
Cartago tenía 20 electores de los cuales 11 votaron por Mora y los 9 restantes que fueron los únicos que votaron por Bonilla.