Un grupo de animales del zoo de Central Park en Nueva York, compuesto por Alex (un león), Marty (una cebra), Gloria (un hipopótamo) y Melman (una jirafa) viven bonitas vidas, pero Marty, que tiene 10 años, piensa que su vida en el zoo sea monótona, y querría retornar a la naturaleza, y decide escaparse por la noche del zoo.Esa noche, un pingüino llamado Skipper le da indicaciones para salir del zoo.Después de haberle vencido, Marty le roba la llave, y triunfa en su fuga.Estos lémures, buscados por los fosas, son ayudados por los 4 héroes, que los defienden de los depredadores.Después de dar varios servicios a otros personajes, recrean una segunda vez la baliza.Marty no quiere dejar la isla sin su mejor amigo, Alex, y dice que sea el único responsable de la situación.Los 4 personajes interpretables son los 4 protagonistas principales de la película: Alex, el león; Marty, la cebra; Gloria, el hipopótamo y Melman, la jirafa.Si el jugador pierde todas sus vidas Tiki, tendrá que empezar de nuevo el nivel.Otros objetos pueden ser utilizados en función del personaje controlado (los mangos como proyectiles por Alex, o pimientos por Gloria).Alex y Melman son los 2 solos personajes que pueden lanzar objetos, como mangos o lémures.
Alex, Gloria y Melman tendrán que cruzar, por la noche, la
ciudad de Nueva York
para buscar a Marty.
Las arañas, especialmente
tarántulas
, son enemigos comunes en los niveles a Madagascar.
Los pimientos son utilizados como
turbo
por Gloria.
En el juego, Alex tiene que cruzar una cascada cuando llega a la isla.
