Luego de revalidar su título en la Universidad Central de Venezuela a en 1844 comenzó a ejercer la medicina y la investigación científica la cual le conduciría a establecer en 1853 que la fiebre amarilla se transmitía mediante un mosquito y no por el aire como hasta entonces se creía.
Se casó con Marie Laurence Desbonnes en 1805 teniendo seis hijos de los cuales el segundo fue Luis Daniel.
Desde pequeño estuvo en contacto con la naturaleza y en especial con la botánica que utilizaba su padre en el negocio farmacéutico.
Sin duda estas consecuentes visitas al museo le marcarían el deseo de llegar a ser viajero naturalista.
Interrumpió sus estudios de medicina para viajar a Venezuela a comienzos del año 1834, allí se encontraría con su hermano quien ya se había radicado en Maturín con una sucursal de los negocios familiares.
Desde ese entonces ya se había establecido definitivamente en su nueva patria, compartió amistad con José María Vargas y otros distinguidos hombres de ciencia.
Su casa en Cumaná serviría de reuniones conciliatorias entre los bandos orientales en pugna durante la Guerra Federal.
A finales de ese mismo año, en octubre, se desata sobre la ciudad una epidemia de fiebre amarilla que se prolongaría hasta finales del próximo febrero.
Es la más corriente y su picadura es inofensiva comparativamente a la de otras especies.
Tomando esto como base aplicó una terapéutica a 392 casos de los cuales apenas siete murieron.
Durante ese año se produjo un brote colérico en la vecina isla de Margarita que muy pronto llegó a la costa de Cumaná y se extendió rápidamente por la ciudad.
En 1908 un editorial de The British Medical Journal explicaba porqué Beauperthuy no fue reconocido en su momento.
El Hospital de Basse-Terre Centre hospitalier Louis-Daniel Beauperthuy,[5] se estableció en 1959, en su honor.
[6] El hospital de Cumanacoa, ciudad aledaña a Cumaná también lleva su nombre.