En el marco de una fuerte respuesta inmunitaria innata a un microbio, si el microbio infecta directamente a las APC o si la presentación cruzada de antígenos microbianos es eficiente, puede no ser necesaria la ayuda del linfocito T CD4+.Los linfocitos T CD04"^ cooperadores pueden ser necesarios para las respuestas de linfocitos T CD8+ a las infecciones víricas latentes, los trasplantes de órganos y los tumores, todos los cuales tienden a desencadenar reacciones inmunitarias innatas relativamente débiles.Los linfocitos T cooperadores estimulados por el antígeno expresan el ligando para el CD40 (CD40L), que se une la CD40 en la APC y activa («autoriza») a estas APC para que se hagan más eficientes en su estímulo de la diferenciación de los linfocitos CD8+.La característica más específica de la diferenciación CTL es el desarrollo de gránulos citoplásmicos unidos a la membrana que contienen proteínas, como la perforína y la granzima, cuya función es matar a otras células.Además, los CTL diferenciados son capaces de secretar citocinas, sobre todo IFN-y, que activan los fagocitos.Los acontecimientos moleculares en la diferenciación CTL conllevan la transcripción de genes que codifican estas moléculas efectoras.