Fue fundado inicialmente en Caracas en 1905 y refundado en la población mirandina en 1912 por José de Jesús Arocha.

[1]​ Inicialmente las primeras instalaciones del liceo fueron unas casas alquiladas en la zona denominada Campo Alegre; posteriormente Arocha compra, a las familias Russo y Ruiz, un terreno en la zona de El Vigía, que pobló de árboles y edificó allí las instalaciones en las cuales refunda el Liceo San José, en 1912.

[6]​ En 1930, Arocha se traslada a Valencia y, al sentirse enfermo, contacta al padre salesiano Rodolfo Fierro, en esa época Director del Colegio San Francisco de Sales de Caracas, para que fuera a confesarlo.

Le manifiesta su preocupación por el destino del Liceo y le hace la propuesta para que los salesianos pudiesen encargarse de la obra, dada la cercanía que tenía Arocha con el Sistema Preventivo de Don Bosco.

Un año después, la institución incluyó una orientación a nivel pre-vocacional y áreas de Educación para el Trabajo.

En el año 2000, con la llegada del nuevo siglo, el Liceo cambia a un régimen mixto y permite la inscripción progresiva de niñas.

Entre sus profesores estuvieron Rómulo Gallegos, Fernando Paz Castillo, Félix Pifano Capdevielle, Tulio Briceño Maaz, el padre Jorge Lösh, Ignacio Burk, Francisco José Iturriza, Ildelfonso Leal, Pascual Venegas, Pedro Itriago Chacín y el padre Jesús Calderón.