Se muestra dividida en diferentes secciones donde constan capítulos filosóficos, científicos, autobiográficos, entre otros.
El apartado de la Trinidad divina: consta de 365 capítulos, uno por cada día del año, enlazado en tres volúmenes, los cuales engloban cinco libros y estos, cuarenta distinciones.
Cada capítulo tiene treinta párrafos numerados, divididos en diez grupos.
El cuarto y el quinto libro tienen una estructura temática menos definida: al cuarto aborda temas de carácter filosófico, como por ejemplo la necesidad y la contingencia, la sensualidad i la intelectualidad, fe y razón, o predestinación y libre albedrío; al quinto hay cuarenta y seis capítulos dedicados al amor y cincuenta y dos a la oración, con intuiciones filosóficas y proyectos relacionados con el futuro desarrollo de las primeras Artes.La redacción en primera persona hace que el autor pueda intercalar numerosas referencias autobiográficas que pertenecen o bien al campo de la exultación en el agradecimiento de los bienes recibidos de Dios o bien al de la penitencia y el arrepentimiento en el recuerdo de los pecados de juventud, sobre todo el de la lujuria.
En este escrito, pero, se siente sólo un "hominitxol pecador".