Si se acepta que se trata de Artajerjes I y que el primer período de Nehemías en Jerusalén fue, por lo tanto, entre 445 y 433 a. C., a lo que se añaden su regreso a Susa y su segundo viaje a Judea, entonces el final del siglo V a. C. es la fecha más temprana posible para su redacción.

Este libro doble, como lo llamó Orígenes, se consideraba al menos desde el siglo I como obra del propio Esdras.

El libro Esdras-Nehemías tal como existe en la actualidad formó originalmente un único libro, conocido como "Esdras", fue compuesto en hebreo entre los siglos V y IV a. C. y traducido al griego a mediados del siglo II a. C. Un poco más tarde hubo una segunda traducción griega, muy diferente, en la forma de 1 Esdras, en la cual las memorias de Nehemías están completamente ausentes y algunas de sus reformas se atribuyen a Esdras: esta edición parece ser el Libro de Esdras conocido por Josefo y los primeros cristianos.

Orígenes comentó al respecto que el libro de Esdras en hebreo podía ser considerado un "libro doble", y Jerónimo señaló que esta doble forma del libro había sido adoptada por los cristianos, pero la rechazó en su traducción de la Biblia al latín (Vulgata) y, en consecuencia, todos los primeros manuscritos de la Vulgata presentan a Esdras-Nehemías como un solo libro, al igual que los comentarios medievales a partir de Beda en el siglo VIII, donde se cita al actual libro de Nehemías como "Esdras dice...", y nunca como "Nehemías dice... ".

Lo mismo sucede en las Biblias editadas por Alcuino y por Teodolfo de Orleans del siglo IX.

Sin embargo, esporádicamente desde el siglo IX en adelante, algunas biblias latinas separan las secciones como dos libros distintos, luego llamados el primer y segundo libro de Esdras; y esto se convirtió en la disposición vigente en las ediciones de la Biblia realizadas por la Universidad de París, desde el siglo XIII.

Comienza narrando que, siendo copero en la corte del Gran Rey en Susa, es informado por su hermano Hanani de que Jerusalén no tiene muros y decide restaurarlos con apoyo del monarca.

Después de doce años como máxima autoridad en Jerusalén, regresa a Susa, pero posteriormente vuelve a visitar la ciudad, donde encuentra que los judíos no cumplen con la Ley, en especial al tomar esposas no judías, por lo cual decide quedarse para imponer de nuevo la Ley mosaica.

Regresa a Yehud e impone nuevamente la Ley, esta vez haciendo uso de la fuerza en especial contra los matrimonios mixtos.

Con este relato concluye la narración histórica de la Biblia hebrea y del Antiguo Testamento en uso por las iglesias protestantes: en las iglesias reformadas, por lo tanto, es común designar al período posterior a Nehemías y hasta el nacimiento de Jesucristo como "periodo intertestamentario".

[6]​ La investigación reciente puso en duda esta certeza en función de los datos arqueológicos y el contexto histórico.

Lo cierto es que el autor de las memorias no se propone solo escribir historia, sino justificar su accionar ante los habitantes de la provincia y ante Dios, en un texto que se habría depositado en el Templo.

[9]​ En cuanto a la documentación anexada, hoy se considera que gran parte de ella ha sido redactada para la obra y no se trata de fuentes primarias.

En un intento de reconstruir los hechos históricos, las cuestiones en debate se resumen en la relación entre Esdras y Nehemías, así como en los hallazgos arqueológicos que puedan corroborar el relato del libro.

Los hallazgos reportados, como el de Kanyon, son posteriores: el muro oriental data del período helenístico tardío y la estructura occidental, sea cual sea la función que haya cumplido, es posterior al período persa.

[14]​ Ussishkin[15]​ y otros autores han sugerido que Nehemías simplemente reconstruyó el antiguo muro de la Edad de Hierro, que estaba en ruinas; sin embargo, en todas las secciones del mismo descubiertas hasta ahora no hay indicios de una reconstrucción en el período persa: las renovaciones son siempre del período helenístico tardío.

[18]​[19]​ En el año 2007, por otra parte, la arqueóloga Eilat Mazar afirmó haber descubierto en sus excavaciones los restos del muro bíblico,[20]​[21]​ concretamente la torre norte y una sección de un muro conectado a ella; la cual Mazar, sobre la base de la edad de la cerámica y otros restos del sitio (siglos VI-V a. C.), ha fechado en el período persa.

Otros autores cuestionan su datación, y lo consideran del período helenístico tardío.

En efecto, no hay milagros en este libro, sino seres humanos que actúan a partir de un impulso íntimo de Dios, el cual determina las acciones políticas y sociales.

No se menciona una esperanza mesiánica y Nehemías es un fiel súbdito del Gran Rey.