[3]​ En 2007, siendo presidente del Gobierno José Luis Rodríguez Zapatero, (PSOE), la LOU fue modificada por la Ley orgánica 4/2007,de 12 de abril, por la que se modifica la Ley Orgánica 6/2001 de Universidades[4]​ Ya se sabía que, cuando el PSOE estaba en la oposición, se había opuesto frontalmente a ella y en el discurso de investidura[5]​ del nuevo presidente del Gobierno, se comunicó que la LOU iba a ser reformada de inmediato .

En la disposición final quinta de la LOU se especifica a este respecto que los apartados 2 y 3 del artículo 42 no entrarán en vigor hasta que sea expresamente derogada la Ley 30/1974 que estableció las pruebas de acceso (selectividad).

Los nuevos claustros deberán estar constituidos en julio, y serán los encargados de elaborar los estatutos que regirán la vida universitaria.

Según la nueva Ley, el rector será elegido por la comunidad universitaria, entre funcionarios del cuerpo de catedráticos en activo, mediante elección directa y sufragio universal libre y secreto.

La secretaría de Educación y Universidad del PSOE, Carme Chacón, afirmó a la cadena SER que con la entrada en vigor de la nueva Ley se ha perdido una oportunidad para poder reformar en profundidad una institución tan importante para la sociedad española, y señaló que la LOU pondrá patas arriba la Universidad durante dos años, con la elección de nuevos rectores, jefes de departamento y otros cargos, en vez de estar investigando, innovando y poniendo la Universidad española al nivel europeo.