Terminado el conflicto César desmovilizó la XIII y concedió a sus veteranos tierras de cultivo en Italia.

En 16 a. C. la legión fue desplazada para la Pannonia, para lidiar con una revuelta local, utilizando como campamento la ciudad de Iulia Emona (Liubliana, Eslovenia).

En 89 Domiciano transfirió la XIII Gemina para la frontera del Danubio frente al reino independiente de Dacia.

Parte de la unidad, destacada por Galieno en las Galias, apoyó a Victorino cuando este dirigió el Imperio galo.

Cuando el emperador Aureliano decidió la evacuación de Dacia a finales del siglo III, fue instalada al Sur del Danubio en Moesia, en la localidad de Ratiaria (actual Archar en Bulgaria) y se organizó una nueva provincia denominada Dacia Aureliana.