El agua se mantiene limpia gracias a que no existen vertidos ni actividades contaminantes en su captación y a que se alimentan de aguas subterráneas y de la lluvia.

Las del grupo inferior, la Parra es azul, Cardenillas es azul celeste, el lagunillo Tortugas negro y la Llana de color verde, debido a la presencia de vegetación sumergida.

Este fenómeno no es más que la precipitación química del carbonato magnésico y del carbonato cálcico en forma de cristales de dolomita y calcita por causa de la producción fotosintética del fitoplancton que crece en la laguna durante el verano.

Los lagunillos de "aguas negras", Tejo y Tortugas, constituyen un ecosistema diferente a las demás lagunas.

Pueden distinguirse en su anfiteatro rocoso hasta tres fallas, que evidencian las distintas direcciones de los estratos.

Un paseo botánico recorre su vertiente menos empinada, para dejar al visitante contemplar la gran variedad y cantidad de árboles, arbustos y herbáceas que crecen al abrigo de la pared de roca, favoreciéndose del microclima que la laguna genera en este protegido entorno.

El contraste de la vegetación interior, en su mayoría caducifolia, con la vegetación del exterior, perennifolia, es patente en especial durante la primavera y el otoño, cuando los vivos colores de las hojas crean un vistoso cuadro.

Esta laguna llama la atención al visitante por la tonalidad azul cardenillo de sus aguas, especialmente evidente en la época estival, cuando el agua de todas las lagunas se aclara considerablemente.