Algunos de estos lagos se encuentran entre los lagos más profundos, grandes y antiguos del mundo; y muchos son ecorregiones de agua dulce de gran biodiversidad, mientras que otros son lagos alcalinos o carbonatados que soportan organismos altamente especializados.
En el centro de Etiopía, el Gran Valle del Rift divide el macizo etíope en dos mitades, norte y sur, y los lagos ocupan el piso de la fosa tectónica entre esas dos zonas.
La sección keniana del Valle del Rift cuenta con ocho lagos, de los cuales tres son de agua dulce y el resto carbonatados.
De estos últimos, los poco profundos lagos carbonatados del Valle del Rift del Este tienen sal cristalizada que vuelve las orillas blancas, y son famosos por las grandes bandadas de flamencos que se alimentan de crustáceos.
A veces se les conoce como grandes lagos del África central.
Los lagos Alberto, Victoria, y Edward son parte de la cuenca del río Nilo .