Asimismo, la mayoría de las cuencas endorreicas forman lagos en sus mínimos topográficos.
Debido a la sensibilidad del nivel de sus aguas y su salinidad con el clima, estos lagos son utilizados para determinar la evolución paleoclimática con métodos geoquímicos.
El mar de Aral o del lago Chad son casos de lagos endorreicos o mares interiores que se han reducido drásticamente en las últimas décadas.
El mayor lago endorreico del mundo es el mar Caspio, que drena la mayor cuenca endorreica, situada entre Europa y Asia.
El lago Titicaca es parte del sistema TDPS, que sí es endorreico en su conjunto.