[2]​ Fue creado entre 1903 y 1913 con el embalse del río Chagres por la represa de Gatún.

Tiene una superficie de 436 km², y está situado a 26 m sobre el nivel del mar.

Cuando se formó, muchas montañas se convirtieron en islas, destacándose la isla Barro Colorado, sede del Instituto Smithsoniano de Investigaciones Tropicales.

Bajo el lago Gatún reposan los restos de 24 pueblos (entre ellos se pueden nombrar: Gatuncillo, Girona y Magacín) los cuales fueron trasladados a diferentes áreas del país.

De igual forma los animales del área fueron evacuados a otros hábitats.