[1] Su trazado transcurre igual que la línea E1, a la que se une en la estación de Lemoa, para crear un tronco común hasta la cabecera ubicada en el barrio de Matico, en Bilbao.
Al igual que dicha línea, cuenta con parada en Amorebieta-Echano, pero no en la estación principal del municipio, sino en un apeadero propio, tras lo cual recorre Urdaibai, atravesando poblaciones como Múgica, Guernica o Mundaca, usando las vías del antiguo ferrocarril de Amorebieta a Pedernales y Bermeo.
La incorporación tardía de sus convoyes a la nueva variante ferroviaria subterránea entre las estaciones de Kukullaga (Echévarri) y Matiko (Bilbao) se debió a motivos de organización del tráfico, hasta la completa normalización del uso del nuevo acceso noroeste a Bilbao, que también es utilizado por la línea 3 del metro.
La frecuencia es mayor en el último tramo (oeste), de un tren cada 7,5 minutos como mínimo, al corresponder las estaciones entre Kukullaga y Matiko a la mencionada línea L3 de metro.
En dicha relación se hacen, incluso, servicios directos a Bilbao por la mañana (ida) y a mediodía (vuelta), de lunes a viernes, desde 2014,[2] que mantienen sus paradas en el tramo de metro, omitiendo las demás intermedias.