El 13 de agosto de ese mismo año se inauguraba y abría al público la línea férrea, los actos se llevaron a cabo en Amorebieta donde el cura párroco bendijo las dos locomotoras que daban vida a la nueva instalación.

La comitiva, compuesta por dos trenes, llegó a Guernica y Luno donde fue recibida al son del Gernikako Arbola.

En Guernica, después de visitar el Árbol, se celebró un banquete en elq ue participaron 97 comensales.

La plantilla es depurada despidiendo o castigando a aquellos trabajadores que se consideran como desafecto al régimen.

La línea se proyectaba por el valle del Butrón ubicando una apeadero en Belako para dar servicio a Fica, Gámiz, Fúniz, Arrieta y Meñaca.

[3]​ La unión entre Pedernales y Bermeo se inició en 1896 con un tranvía de tracción animal que enlazaba ambas localidades por la carretera.

Se realiza una nueva gestión del tráfico ferroviario haciendo que todos los trenes sean directos desde y hasta Bilbao, evitando el trasbordo en Amorebieta.

Desde ahí comienza un descenso al borde del mar sobe acantilados cruzando puentes y túneles hasta llegar a Bermeo.

[4]​ En el proyecto original se establecieron sendos puentes giratorios en las estaciones origen y término de la línea.

Estos puentes tenían 4,20 m de diámetro y fueron suministrados, como el resto del aparallaje, por la empresa alemana Van der Zippen & Charlier.

Tras la Guerra Civil se cambiaron, muchos de ellos habían sido destruidos en la contienda, por otros construidos en Madrid por la casa Girod.

[3]​ Cuando en los años veinte del siglo XX la Compañía de los Ferrocarriles Vascongados electrificó sus líneas, se planteó hacer lo mismo en la Amorebieta Pedernales pero el proyecto no cuajó.

Fue reconstruido reduciendo la superficie de la segunda planta y se le añadió una cantina junto al vestíbulo.

Sufrió daños durante la Guerra Civil, en la que se usó como cuartel de las tropas leales a la República.

Como estación término estaba dotada de las estructuras necesarias para el servicio del ferrocarril.

Desde 1895 hasta 1962 tenía una vía que daba acceso a las marismas y se utilizaba para cargar arena.

El convoy estaba conformado por 12 vagones plataforma provistos de portabobinas y arrastrado por dos locomotoras Alsthom 1.600.

[3]​ Durante el tiempo en que la línea férrea Amorebieta - Guernica y Lumo - Bermeo ha estado en servicio, más de 100 años, la tecnología ferroviaria se ha desarrollado ostensiblemente.

Las primeras máquinas que llegaron, antes del fin de la contienda en 1938, a reforzar el servicio fueron las locomotoras del ferrocarril Vasco-Navarro número 2, bautizada «Laurak Bat» y la número 4 llamada «Vitoria», que habían sido comprada en 1887 a la casa británica Falcon.

Tras la Guerra Civil se alquiló la locomotora número 105 «Igartua» que había sido construida en Mánchester por Nasmyth & Wilson en el año 1892.

Estas locomotoras habían sido destinadas al Bilbao a Lezama en marzo de 1938 ya que estaban sin servicio en los Vascongados desde su electrificaión en 1929.

Otras locomotoras, normalmente del tipo diésel-hidráulicas, realizaron servicios puntuales y esporádicos para cubrir las necesidades que surgían en la explotación.

FEVE encargó, antes de ceder la gestión al Gobierno Vasco, 15 remolques intermedios que completaban los trenes.

Esta serie incluía importante novedades, un nuevo diseño interior, puertas automáticas, megafonía, hilo musical... Se realizaron un total de ocho trenes completos.

Estos trenes, de los que Euskotren compró 20 unidades, estaban compuestos por dos coches motores y un remolque intermedio.

Estas unidades complementaron y modernizaron el material móvil de Euskotren incluyendo la línea Amorebieta a Bermeo.

Los coches de dos ejes, construidos por Ashbury en 1888, tenían el acceso por portezuelas laterales, individuales para cada departamento.

En 1892, para cubrir las necesidades del transporte de arena desde Pedernales, se compraron cuatro nuevas plataformas fabricadas en Bélgica por Braine le Comte.

Tras la Guerra Civil la Explotación de Ferrocarriles por el Estado asignó al Amorebieta-Pedernales los vagones cerrados K-13, K-21, K-30 y KK-1 del Vasco-Navarro.

Tenía una estrecha relación con Manuel Allendesalazar lo que le llevó a invertir en el ferrocarril Amorebieta-Guernica.