Duquet formó allí parte del grupo dirigido por el sacerdote Ismael Calcagno, primo político de Jorge Rafael Videla, el dictador al mando al momento de ser secuestrada y asesinada.

Para explicar su actitud solía repetir una frase: «Callarse hoy sería cobarde».

Debido a que Léonie no se encontraba allí, los militares fueron el 10 de diciembre a Ramos Mejía, en el Gran Buenos Aires, para secuestrarla en la Capilla de San Pablo.

Allí permaneció aproximadamente 10 días, lapso durante el cual fue constantemente torturada.

En el informe Nunca Más, los testigos Maggio y Cubas, sobrevivientes de la ESMA, relataron lo que sabían sobre su suerte: La nacionalidad francesa de las hermanas Léonie Duquet y Alice Domon generó un escándalo internacional, especialmente con Francia.

Por esa razón el jefe de la Armada y miembro de la Junta Militar, Emilio Massera, ordenó simular que ambas monjas habían sido secuestradas por la organización guerrillera Montoneros.

Luego les sacaron la foto que se encuentra en esta página en la que las dos monjas se encuentran sentadas delante de una bandera de Montoneros y exhibiendo un ejemplar del diario La Nación.

Durante su cautiverio otra detenida, Graciela Daleo, se encontró con Léonie Duquet en la cocina, donde se encontraba sentada y encapuchada y recién traída de la sala de torturas.

Aclaraba también que la información provenía del nuncio apostólico en la Argentina.

Estos restos fueron utilizados en el juicio a las Juntas y guardados luego en 16 bolsas.

Se descubrieron así ocho esqueletos, cinco correspondientes a mujeres, dos correspondientes a varones y uno, clasificado como GL-17, que se definió como «probablemente masculino».

En el entierro se leyó una declaración del presidente de Francia, Jacques Chirac, que dice:

Esta información fue mantenida en secreto y nunca fue comunicada al gobierno argentino.